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纳米孔掌上测序仪未来或可测序蛋白质

更新时间:2015-03-05 16:31:04点击次数:1406次

近日,牛津纳米孔公司(Oxford Nanopore Technologies)宣布将邀请更多的用户加入到MinIon测序仪的早期试用计划中。同时,越来越多早期试用者发布了他们的研究结果。

MinION测序仪只有4英寸长,普通U盘大小,由一个传感器芯片,专用集成电路和一个完整的单分子感应测试所需的流控系统构成。MinION采用新型纳米孔测序法(nanopore sequencing),平均读长为80K bp,并且具备很高的测序速度。目前纳米孔测序法较低的测序准确率仍是大家关心的问题,但是该设备目前仍在不断更新,仍有很多研究者非常看好这一技术。

上周,在美国佛罗里达州马可岛召开的基因组生物技术大会(AGBT)上,来自美国冷泉港实验室的Sara Goodwin展示了利用Oxford MinION掌上测序仪进行de novo组装和测序。研究利用MinION对酵母菌株进行了超过120X覆盖度的测序,结果表明该测序数据能够达到80%的比对率。

其他早期试用计划的用户们也已正陆续公布MinION掌上测序仪的试用情况。最近,加州大学圣他库斯分校的Mark Akeson研究团队公布了一种可用于纳米孔数据的单核苷酸变异检测工具,使用该工具可以解决人类染色体未知区域上某个癌症基因拷贝数的问题。

一些研究小组的实验结果表明:使用MinIon进行细菌基因组测序,再使用Illumina测序仪测出的短序列对其进行校正,所获得的数据足以用于基因组从头组装。目前已经公布的结果还包括宏基因组测序、人类基因测序、细菌抗生素抗性鉴定和细菌疫情分析。

牛津纳米孔公司在2013年底首次对外开放注册MinIon试用计划,至今已经接纳了两轮参与者,这些参与者在第二年春天开始收到MinIon测序仪。目前早期试用计划一直专注于DNA测序领域,但是该公司表示,“希望今后围绕RNA和蛋白质的分析展开”。

牛津纳米孔公司声称在早期试用计划推行的同时,该公司的测序技术已经在一些方面得到改善。文库制备试剂盒已经进行了多次升级,以提高数据的准确性、简化操作流程。该公司还开发了新的文库制备试剂盒和文库制备方法以使MinIon的应用更加广泛,例如cDNA测序和基因组DNA和扩增子的条形码编码。

迄今,Oxford Nano已经装载了三种类型的流动槽,每一次增加纳米孔数目都能有效提高测序数据的质与量。在数据质量方面,通过增加双向序列的比例将增加测序的准确性。

(编辑:admin)
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